Η Μονή Αγίας Αναστασίας της Φαρμακολύτριας κατά την παράδοση ιδρύθηκε από την αυτοκράτειρα Θεοφανώ, σύζυγο του Λέοντα ΣΤ' Σοφού, το 888 μ.Χ. Ωστόσο, δεν υπάρχουν ιστορικές μαρτυρίες για την ύπαρξη μονής κατά τα βυζαντινά χρόνια.
Στις αρχές του του 16ου αιώνα ,το 1522 ο Άγιος Θεωνάς, μετέπειτα μητροπολίτης Θεσσαλονίκης, με τη συνοδεία του, προερχόμενοι από το Άγιον Όρος επανίδρυσε το μοναστήρι της Αγίας Αναστασίας της Φαρμακολυτρίας, ανακαινίζοντας εκ βάθρων ένα παλαιότερο μονύδριο, το οποίο η παράδοση ανάγει στα τέλη του 8ου αιώνα.
Το καθολικό της μονής ανήκει στον τύπο της τρίκλιτης βασιλικής με τρούλο και ανάγεται στα χρόνια μετά την ανακαίνιση του 1830.